HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen B -IgSHM-D (11834) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio 050 427 1237 ja 050 4280992

Lähete

Geneettinen tutkimus, maligniteetit

Indikaatiot

Krooninen lymfaattinen leukemia (KLL).

Suoritus

Näytteestä eristetystä genomisesta DNA:sta monistetaan tutkittavat kohdealueet multiplex-PCR-menetelmällä ja kohdealueiden emäsjärjestys määritetään Ion Torrent -puolijohdesekvensoinnilla. Uudelleenjärjestymien tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään LymphoTrack Dx -ohjelmaa.

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

3-5 ml perifeeristä verta EDTA-putkessa. Tarvittaessa näytettä voi säilyttää max. 5 vrk jääkaapissa. Putkea ei saa pakastaa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing)

Tekotiheys

Viikoittain

Tulokset valmiina

 
 2-3 viikon kuluessa

Yleistä

B-solujen normaalin kypsymisen aikana tapahtuvat immunoglobuliinigeenien uudelleenjärjestymät ja V-geenisegmentin alueella tapahtuvat somaattiset hypermutaatiot saavat aikaan vasta-aineiden monimuotoisuuden. Immunoglobuliinigeenin hypermutaatiotutkimuksen avulla selvitetään KLL:aan liittyvä immunoglobuliinin raskasketjun geenin (IGH) uudelleenjärjestymä ja V-geenisegmentin alueella esiintyvät somaattiset hypermutaatiot. Tutkimus tehdään kaupallisella LymphoTrack Dx IGH (FR1) -kitillä, jolla voidaan tutkia IGH-geenin varioivaa osaa V-geenisegmentin (FR1) ja J-geenisegmentin konservoituneille alueille sitoutuvilla alukkeilla.

Tulkinta

Mutaatiostatuksen perusteella potilaan tauti voidaan luokitella todennäköiseen riskiluokkaan. V-geenisegmentin sekvenssin samanlaisuus verrattuna ituratasekvenssiin ilmoitetaan prosentteina. Mikäli samanlaisuus on suurempi tai yhtä suuri kuin 98 %, potilaan tauti luokittuu todennäköisesti ns. huonoennusteiseen, ei-mutatoituneeseen KLL:aan. Lisäksi lausunnossa mainitaan, mikäli todettu uudelleenjärjestymä kuuluu ennusteellisesti merkittävään stereotyyppiseen alaluokkaan. Jos tutkimuksen tulos jää käytetyllä DNA-pohjaisella menetelmällä epäselväksi, lähetetään näyte RNA-pohjaiseen jatkotutkimukseen TYKSiin.