HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Bm-IgSHM-D (11835) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio 050 427 1237 ja 050 4280992

Indikaatiot

Krooninen lymfaattinen leukemia (KLL).

Suoritus

Näytteestä eristetystä genomisesta DNA:sta monistetaan tutkittavat kohdealueet multiplex-PCR-menetelmällä ja kohdealueiden emäsjärjestys määritetään Ion Torrent -puolijohdesekvensoinnilla. Uudelleenjärjestymien tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään LymphoTrack Dx -ohjelmaa.

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

3-5 ml luuydinaspiraattia EDTA-putkessa. Tarvittaessa näytettä voi säilyttää max. 5 vrk jääkaapissa. Putkea ei saa pakastaa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing)

Tekotiheys

Viikoittain

Tulokset valmiina

2-3 viikon kuluessa

Yleistä

B-solujen normaalin kypsymisen aikana tapahtuvat immunoglobuliinigeenien uudelleenjärjestymät ja V-geenisegmentin alueella tapahtuvat somaattiset hypermutaatiot saavat aikaan vasta-aineiden monimuotoisuuden. Immunoglobuliinigeenin hypermutaatiotutkimuksen avulla selvitetään KLL:aan liittyvä immunoglobuliinin raskasketjun geenin (IGH) uudelleenjärjestymä ja V-geenisegmentin alueella esiintyvät somaattiset hypermutaatiot. Tutkimus tehdään kaupallisella LymphoTrack Dx IGH (FR1) -kitillä, jolla voidaan tutkia IGH-geenin varioivaa osaa V-geenisegmentin (FR1) ja J-geenisegmentin konservoituneille alueille sitoutuvilla alukkeilla.

Tulkinta

Mutaatiostatuksen perusteella potilaan tauti voidaan luokitella todennäköiseen riskiluokkaan. V-geenisegmentin sekvenssin samanlaisuus verrattuna ituratasekvenssiin ilmoitetaan prosentteina. Mikäli samanlaisuus on suurempi tai yhtä suuri kuin 98 %, potilaan tauti luokittuu todennäköisesti ns. huonoennusteiseen, ei-mutatoituneeseen KLL:aan. Lisäksi lausunnossa mainitaan, mikäli todettu klonaalinen uudelleenjärjestymä kuuluu ennusteellisesti merkittävään stereotyyppiseen alaluokkaan. Jos tutkimuksen tulos jää käytetyllä DNA-pohjaisella menetelmällä epäselväksi, lähetetään näyte RNA-pohjaiseen jatkotutkimukseen TYKSiin.