HUS Diagnostiikkakeskus

Tutkimusohjekirjan etusivulle

Periytyvä rinta- ja munasarjasyöpäalttius, BRCA1- ja BRCA2-geenien suomalaisten mutaatioiden tutkimus, verestä

20532 B -BRCA-D

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Yhteyshenkilöt

sairaalageneetikko Heli Nevanlinna: heli.nevanlinnaathus.fi / 09 471 71750 / 050-427 1998 ja sairaalageneetikko Maarit Lappalainen: maarit.lappalainenathus.fi / 050-4279 544

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

BRCA1- tai BRCA2-geenivirheiden aiheuttaman periytyvän rintasyöpä- tai munasarjasyöpäalttiuden epäily.

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkredoitu menetelmä.

Tulokset valmiina

4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta.

Yleistä

BRCA1- ja BRCA2-geenit ovat kasvunrajoitegeenejä, jotka osallistuvat DNA:n virheiden korjaukseen. Lisäksi niiden on osoitettu säätelevän muiden geenien ilmentymistä. BRCA1-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-80 % ja munasarjasyöpään noin 25-50 %. BRCA2-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-70 % ja munasarjasyöpään noin 10-20 %. BRCA1- ja BRCA2-geenin mutaatiot lisäävät riskiä sairastua myös eräisiin muihin syöpiin.

Tutkimus käsittää 97 Suomessa aikaisemmin tunnistettua BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatiota (kts. erillinen listaus Huomautuksia-kappaleessa).

Näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent -laitteella. DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin analyysiohjelmistoa. Lausunnossa ilmoitetaan todettu mutaatio, tutkitut mutaatiot ilmoitetaan erillisellä liitteellä. Tutkituilla alueilla sekvensoinnin kattavuus on vähintään 30-kertainen.

Tulkinta

Rinta- ja munasarjasyöpäpotilaalla mutaation löytyminen toisesta BRCA1- tai BRCA2-geenikopiosta on diagnostinen perinnöllisen syöpäalttiuden suhteen. Tutkimus ei poissulje muita harvinaisempia BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatioita. Tutkimus ei sulje pois muiden geenien aiheuttamaa korkean tai matalan riskin rinta- tai munasarjasyöpäsyöpäalttiutta.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kahden viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä.

Tutkimukseen sisältyvät seuraavat mutaatiot:

 BRCA1 (NM_007294.3):
 c.68_69delAG              p.(Glu23fs*17)
 c.499delA                 p.(Thr167Glnfs*67)
 c.594_597delTGTG          p.(Ser198Argfs*35)
 c.667_668delAA            p.(Lys223Glyfs*4)
 c.737delT                 p.(Leu246Ter)
 c.928C>T                  p.(Gln310Ter)
 c.1082_1092delCAGAGAATCCT p.(Ser361Ter)
 c.1504_1508delTTAAA       p.(Leu502Alafs*2)
 c.1612C>T                 p.(Gln538Ter)
 c.1687C>T                 p.(Gln563Ter)
 c.1805delA                p.(Asn602Ilefs*10)
 c.1962dupG                p.(Tyr655Valfs*18)
 c.2154_2220dup67          p.(Ser741Ter)
 c.2475delC                p.(Asp825Glufs*21)
 c.2599C>T                 p.(Gln867Ter)
 c.2685_2686delAA          p.(Pro897Lysfs*5)
 c.2713delC                p.(Gln905Lysfs*95)
 c.2923C>T                 p.(Gln975Ter)
 c.3067delG                p.(Val1023Ter)
 c.3091dupA                p.(Ile1031Asnfs*2)
 c.3145delT                p.(Ser1049Profs*13)
 c.3228_3229delAG          p.(Gly1077Alafs*8)
 c.3388delT                p.(Ser1130Glnfs*4)
 c.3485delA                p.(Asp1162Valfs*48)
 c.3598C>T                 p.(Gln1200Ter)
 c.3607C>T                 p.(Arg1203Ter)
 c.3622A>T                 p.(Lys1208Ter)
 c.3626delT                p.(Leu1209Ter)
 c.3706_3707delAA          p.(Asn1236Tyrfs*7)
 c.3756_3759delGTCT        p.(Ser1253Argfs*10)
 c.3785C>A                 p.(Ser1262Ter)
 c.4035delA                p.(Glu1346Lysfs*20)
 c.4097-2A>G               p.(Gly1366fs*2)
 c.4183C>T                 p.(Gln1395Ter)
 c.4185+1G>A
 c.4327C>T                 p.(Arg1443Ter)
 c.4357+1G>A               p.(Arg1397Tyrfs*2)
 c.4480G>T                 p.(Glu1494Ter)
 c.4656C>A                 p.(Tyr1552Ter)
 c.4689C>G                 p.(Tyr1563Ter)
 c.4997dupA                p.(Tyr1666Ter)
 c.5026_5036delTTAACTAATCT p.(Leu1676Asnfs*3)
 c.5074+1G>A
 c.5075-1G>A
 c.5095C>T                 p.(Arg1699Trp)
 c.5117G>A                 p.(Gly1706Glu)
 c.5123C>A                 p.(Ala1708Glu)
 c.5209dupA                p.(Arg1737Lysfs*93)
 c.5251C>T                 p.(Arg1751Ter)
 c.5266dupC                p.(Gln1756Profs*74)
 c.5278-1G>C
 c.5467G>A                 p.(Ala1823Thr)
 c.5503C>T                 p.(Arg1835Ter)
 c.5534_5539delins20       p.(Tyr1845CysfsX15)
 c.5569delC                p.(Glu1857Argfs*65)
 BRCA2 (NM_000059.3):
 c.445delA                 p.(Thr149Hisfs*3)
 c.517-2A>G
 c.755_758delACAG          p.(Asp252Valfs*24)
 c.771_775delTCAAA         p.(Asn257Lysfs*17)
 c.1286T>G                 p.(Leu429Ter)
 c.1594G>T                 p.(Glu532Ter)
 c.1813dupA                p.(Ile605Asnfs*11)
 c.2376C>G                 p.(Tyr792Ter)
 c.2653_2656delGACA        p.(Asp885Metfs*9)
 c.2980_2984delGCAGG       p.(Ala994Thrfs*13)
 c.3847_3848delGT          p.(Val1283Lysfs*2)
 c.3860dupA                p.(Asn1287Lysfs*2)
 c.3881T>A                 p.(Leu1294Ter)
 c.4169delT                p.(Leu1390Trpfs*20)
 c.4226T>A                 p.(Leu1409Ter)
 c.4889C>G                 p.(Ser1630Ter)
 c.5303_5304delTT          p.(Leu1768Argfs*5)
 c.5388delT                p.(Asp1796Glufs*9)
 c.5569G>T                 p.(Glu1857Ter)
 c.5621_5624delTTAA        p.(Ile1874Argfs*34)
 c.5851_5854delAGTT        p.(Ser1951Trpfs*11)
 c.6267_6269delGCAinsC     p.(Glu2089fs*2)
 c.6275_6276delTT          p.(Leu2092Profs*7)
 c.6445_6446dup            p.(Lys2150Leufs*19)
 c.7480C>T                 p.(Arg2494Ter)
 c.7558C>T                 p.(Arg2520Ter)
 c.7805+1G>A
 c.8314G>T                 p.(Glu2772Ter)
 c.8327T>G                 p.(Leu2776Ter)
 c.8331+2T>C
 c.8332-2A>G
 c.8363G>A                 p.(Trp2788Ter)
 c.8629G>T                 p.(Glu2877Ter)
 c.8633-1G>C
 c.8935A>T                 p.(Lys2979Ter)
 c.8940dupA                p.(Glu2981Argfs*37)
 c.8978C>G                 p.(Ser2993Ter)
 c.9117G>A
 c.9118-2A>G               p.(Val3040Metfs*20)
 c.9294C>G                 p.(Tyr3098Ter)
 c.9674_9675dup            p.(Tyr3226Ilefs*24)
 c.9692_9699dupCACTTTGT    p.(Met3234Hisfs*18)

Tutkimus B -BRCA-D päivitetty 21.01.2021 / ML

Sivun alkuun

Viimeisin päivitys: 20.10.2021 klo 02:26.