HUSLAB - tutkimusohjekirja

HUSLABin tutkimusohjekirjan on korvannut 15.10.2024 HUS Diagnostiikkakeskuksen "AMMATTILAISEN SIVUSTO".

Tutkimus Ts-BRCA-D (20533) Periytyvä rinta- ja munasarjasyöpäalttius, BRCA1- ja BRCA2-geenien suomalaisten mutaatioiden tutkimus, kudoksesta uudella sivustolla

Tälle sivulle osoittavat linkit pyydetään päivittämään osoittamaan uudelle sivustolle osoitteeseen

https://diagnostiikka.hus.fi/tutkimus?id=20533

Tutkimuksen Ts-BRCA-D (20533) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

BRCA1- tai BRCA2-geenivirheiden aiheuttaman periytyvän rintasyöpä- tai munasarjasyöpäalttiuden epäily silloin, kun verinäytettä ei ole käytettävissä.

Näyteastia

Eppendorf-putki

Näyte

Näytteeksi tarvitaan 4-8 kpl 10 mikrometrin paksuista parafiinileikettä pieneen muovipurkkiin (esim. formaliinipurkkiin). Tutkittavaksi kudokseksi suositellaan ensisijaisesti syöpäpotilaan normaalia tervekudosta ja tuumorikudosta ainoastaan, ellei tervekudosta ole käytettävissä. Tällöin tutkittavaksi valitaan kudosnäyte, jossa on mahdollisimman vähän tuumorisoluja. Näyte lähetetään huoneenlämmössä laboratorioon.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta.

Yleistä

BRCA1- ja BRCA2-geenit ovat kasvunrajoitegeenejä, jotka osallistuvat DNA:n virheiden korjaukseen. Lisäksi niiden on osoitettu säätelevän muiden geenien ilmentymistä. BRCA1-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-80 % ja munasarjasyöpään noin 25-50 %. BRCA2-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-70 % ja munasarjasyöpään noin 10-20 %. BRCA1- ja BRCA2-geenin mutaatiot lisäävät riskiä sairastua myös eräisiin muihin syöpiin.

Tutkimus käsittää 97 Suomessa aikaisemmin tunnistettua BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatiota (kts. erillinen listaus Huomautuksia-kappaleessa). Parafiininäytteen iästä ja laadusta riippuen tutkimuksen kattavuus saattaa jäädä vajaaksi.

Näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent -laitteella. DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin analyysiohjelmistoa. Lausunnossa ilmoitetaan todettu mutaatio, tutkitut mutaatiot ilmoitetaan erillisellä liitteellä. Tutkituilla alueilla sekvensoinnin kattavuus on vähintään 30-kertainen.

Tulkinta

Rinta- ja munasarjasyöpäpotilaalla mutaation löytyminen toisesta BRCA1- tai BRCA2-geenikopiosta on diagnostinen perinnöllisen syöpäalttiuden suhteen. Tutkimus ei poissulje muita harvinaisempia BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatioita. Tutkimus ei sulje pois muiden geenien aiheuttamaa korkean tai matalan riskin rinta- tai munasarjasyöpäsyöpäalttiutta.

Huomautuksia

Tutkimukseen sisältyvät seuraavat mutaatiot:

 BRCA1 (NM_007294.3):
 c.68_69delAG              p.(Glu23fs*17)
 c.499delA                 p.(Thr167Glnfs*67)
 c.594_597delTGTG          p.(Ser198Argfs*35)
 c.667_668delAA            p.(Lys223Glyfs*4)
 c.737delT                 p.(Leu246Ter)
 c.928C>T                  p.(Gln310Ter)
 c.1082_1092delCAGAGAATCCT p.(Ser361Ter)
 c.1504_1508delTTAAA       p.(Leu502Alafs*2)
 c.1612C>T                 p.(Gln538Ter)
 c.1687C>T                 p.(Gln563Ter)
 c.1805delA                p.(Asn602Ilefs*10)
 c.1962dupG                p.(Tyr655Valfs*18)
 c.2154_2220dup67          p.(Ser741Ter)
 c.2475delC                p.(Asp825Glufs*21)
 c.2599C>T                 p.(Gln867Ter)
 c.2685_2686delAA          p.(Pro897Lysfs*5)
 c.2713delC                p.(Gln905Lysfs*95)
 c.2923C>T                 p.(Gln975Ter)
 c.3067delG                p.(Val1023Ter)
 c.3091dupA                p.(Ile1031Asnfs*2)
 c.3145delT                p.(Ser1049Profs*13)
 c.3228_3229delAG          p.(Gly1077Alafs*8)
 c.3388delT                p.(Ser1130Glnfs*4)
 c.3485delA                p.(Asp1162Valfs*48)
 c.3598C>T                 p.(Gln1200Ter)
 c.3607C>T                 p.(Arg1203Ter)
 c.3622A>T                 p.(Lys1208Ter)
 c.3626delT                p.(Leu1209Ter)
 c.3706_3707delAA          p.(Asn1236Tyrfs*7)
 c.3756_3759delGTCT        p.(Ser1253Argfs*10)
 c.3785C>A                 p.(Ser1262Ter)
 c.4035delA                p.(Glu1346Lysfs*20)
 c.4097-2A>G               p.(Gly1366fs*2)
 c.4183C>T                 p.(Gln1395Ter)
 c.4185+1G>A
 c.4327C>T                 p.(Arg1443Ter)
 c.4357+1G>A               p.(Arg1397Tyrfs*2)
 c.4480G>T                 p.(Glu1494Ter)
 c.4656C>A                 p.(Tyr1552Ter)
 c.4689C>G                 p.(Tyr1563Ter)
 c.4997dupA                p.(Tyr1666Ter)
 c.5026_5036delTTAACTAATCT p.(Leu1676Asnfs*3)
 c.5074+1G>A
 c.5075-1G>A
 c.5095C>T                 p.(Arg1699Trp)
 c.5117G>A                 p.(Gly1706Glu)
 c.5123C>A                 p.(Ala1708Glu)
 c.5209dupA                p.(Arg1737Lysfs*93)
 c.5251C>T                 p.(Arg1751Ter)
 c.5266dupC                p.(Gln1756Profs*74)
 c.5278-1G>C
 c.5467G>A                 p.(Ala1823Thr)
 c.5503C>T                 p.(Arg1835Ter)
 c.5534_5539delins20       p.(Tyr1845CysfsX15)
 c.5569delC                p.(Glu1857Argfs*65)

 BRCA2 (NM_000059.3):
 c.445delA                 p.(Thr149Hisfs*3)
 c.517-2A>G
 c.755_758delACAG          p.(Asp252Valfs*24)
 c.771_775delTCAAA         p.(Asn257Lysfs*17)
 c.1286T>G                 p.(Leu429Ter)
 c.1594G>T                 p.(Glu532Ter)
 c.1813dupA                p.(Ile605Asnfs*11)
 c.2376C>G                 p.(Tyr792Ter)
 c.2653_2656delGACA        p.(Asp885Metfs*9)
 c.2980_2984delGCAGG       p.(Ala994Thrfs*13)
 c.3847_3848delGT          p.(Val1283Lysfs*2)
 c.3860dupA                p.(Asn1287Lysfs*2)
 c.3881T>A                 p.(Leu1294Ter)
 c.4169delT                p.(Leu1390Trpfs*20)
 c.4226T>A                 p.(Leu1409Ter)
 c.4889C>G                 p.(Ser1630Ter)
 c.5303_5304delTT          p.(Leu1768Argfs*5)
 c.5388delT                p.(Asp1796Glufs*9)
 c.5569G>T                 p.(Glu1857Ter)
 c.5621_5624delTTAA        p.(Ile1874Argfs*34)
 c.5851_5854delAGTT        p.(Ser1951Trpfs*11)
 c.6267_6269delGCAinsC     p.(Glu2089fs*2)
 c.6275_6276delTT          p.(Leu2092Profs*7)
 c.6445_6446dup            p.(Lys2150Leufs*19)
 c.7480C>T                 p.(Arg2494Ter)
 c.7558C>T                 p.(Arg2520Ter)
 c.7805+1G>A
 c.8314G>T                 p.(Glu2772Ter)
 c.8327T>G                 p.(Leu2776Ter)
 c.8331+2T>C
 c.8332-2A>G
 c.8363G>A                 p.(Trp2788Ter)
 c.8629G>T                 p.(Glu2877Ter)
 c.8633-1G>C
 c.8935A>T                 p.(Lys2979Ter)
 c.8940dupA                p.(Glu2981Argfs*37)
 c.8978C>G                 p.(Ser2993Ter)
 c.9117G>A
 c.9118-2A>G               p.(Val3040Metfs*20)
 c.9294C>G                 p.(Tyr3098Ter)
 c.9674_9675dup            p.(Tyr3226Ilefs*24)
 c.9692_9699dupCACTTTGT    p.(Met3234Hisfs*18)