Bakteeri, viljely ja nukleiinihappo (kval), ulosteesta
| 21088 | F -BaktVIP |
Tiedustelut
Bakteriologian laboratorio, puh. (09) 471 73082 tai 471 73040. Iltaisin ja viikonloppuisin puh. 050 427 2222.
Yhteyshenkilöt
mikrobiologi Jenni Antikainen: jenni.antikainen
hus.fi / 050 452 6712 ja lääkäri Annika Nevalainen: annika.nevalainenhus.fi / 040 6352216
Indikaatiot
Bakteeriperäiseksi epäillyn ripulitaudin (erityisesti turistiripulin) etiologian selvittely.
Tutkimukseen kuuluu ulostepatogeenien osoitus nukleiinihaponosoituksella sekä positiivisten löydösten osoittaminen viljelymenetelmällä.
Tällä tutkimuksella voidaan osoittaa Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia enterocolitica/pseudotuberculosis, sekä ns. ripuli-E. coli -kannat (Enterohemorraginen E. coli EHEC, Enteroaggregatiivinen E. coli EAEC, Enteroinvasiivinen E. coli EIEC, Enterotoksigeeninen E. coli ETEC, Enteropatogeeninen E. coli EPEC).
Näistä EAEC-, EIEC-, EPEC- ja ETEC-kannat voidaan osoittaa ainoastaan nukleiinihaponosoituksella, eikä niistä tehdä viljelyä/herkkyysmääritystä. Muiden lajien osalta tehdään viljely PCR-positiivisesta näytteestä, ja löydös nimetään tarkemmin sekä määritetään mikrobilääkeherkkyys. EHEC löydöksille ei määritetä herkkyyttä.
Huom. 26.11.2019 alkaen tutkimus ei sisällä Vibrio choleraeta, vaan se on tarvittaessa tilattava erikseen (F -VichVi 2094)
Harvinaisten, turistiripulia mahdollisesti aiheuttavan aeromonaksen ja ripulia mahdollisesti aiheuttavan plesiomonaksen toteamiseen on erilliset tutkimukset: Aeromonas, viljely ulosteesta, 4374 F -AeroVi ja Plesiomonas shigelloides, viljely ulosteesta, 3997 F -PlesVi.
Näyteastia
Copan eNAT ja geelikuljetusputki
Näyte
Reilu määrä tuoretta ulostetta, erityisesti sen pinnalla mahdollisesti esiintyvää verilimaa, dacrontikulla yhteen eNAT-putkeen ja yhteen geelikuljetusputkeen (Transpocult tai vastaava). Näytekuljetusputki ei saa sisältää hiiltä. Putket muovipussiin. Kts. OHJE
eNAT-putkeen laitettava oikea näytemäärä on tärkeää tutkimuksen onnistumisen kannalta.
Mikäli eNAT-putkia ei ole saatavilla, esim. koronapandemiasta johtuen, näyte voidaan poikkeuksellisesti lähettää kahdessa geelikuljetusputkessa.
Menetelmä
Nukleiinihapon osoitus PCR-tekniikalla, viljely erikoiselatusaineilla, tunnistaminen ja herkkyysmääritys viljelylöydöksistä.
Tekotiheys
ma-pe
Tulkinta
Normaalisti negatiivinen. Positiivisessa näytteessä nukleiinihaponosoituksella (löydös NhO+) ja viljelyllä todetut löydökset näkyvät erikseen.
Huomautuksia
Näytteet olisi saatava laboratorioon mieluiten vuorokauden kuluessa näytteenotosta. Yli kolme vuorokautta viipyneistä näytteistä negatiivinen tulos ei ole luotettava. Kuljetusta odotettaessa näytteitä säilytetään jääkaapissa.
Nukleiinihaponosoitus on viljelyä herkempi, joten sillä saatetaan löytää kantoja, joita ei saada viljeltyä eikä täten herkkyysmääritystä tehtyä.
Ripulia aiheuttavista E. coli -kannoista vain EHEC on mahdollista osoittaa viljelyllä. Nukleiinihaponosoituksella voidaan osoittaa myös muut ripulia aiheuttavat E. coli kannat (ETEC, EAEC, EIEC, EPEC.) EIEC on hyvin samankaltainen Shigellan kanssa, eikä sitä voida nukleiinihaponosoituksella erottaa Shigella-kannoista. ETEC kanta aiheuttaa vesiripulia, joka yleensä menee itsestään ohi muutamassa päivässä. EAEC ja EPEC kantojen rooli ripulin aiheuttamisessa on epäselvempi. Jos potilaalta löytyy EHEC, mahdollista samanaikaista EPEC-kannan läsnäoloa ei voida erikseen osoittaa.
Nukleiinihaponosoituksella voidaan osoittaa patogeeniset Yersiniat (Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis ja Y. pestis). Näiden lajien erottelu tehdään viljelymenetelmällä. Nukleiinihaponosoitustesti ei tunnista muita ns. Y. enterocolitican kaltaisia lajeja tai matalavirulenttia Y. enterocolitica biotyyppiä 1A.
Salmonella positiivisen potilaan seurantatutkimukseksi suositellaan F -SalmVi viljelytutkimusta.
Tutkimus F -BaktVIP päivitetty 30.11.2022 / JA
Viimeisin päivitys: 27.03.2023 klo 01:10.