HUS Diagnostiikkakeskus

Tutkimusohjekirjan etusivulle

Eksomisekvensointi, kudosnäytteestä

21810 Ts-ExSeq-D

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Yhteyshenkilöt

erikoislääkäri Pia Alhopuro: pia.alhopuroathus.fi / 0504287259, sairaalageneetikko Kaisa Kettunen: kaisa.kettunenathus.fi / 040 6288187 ja erikoislääkäri Eveliina Salminen: eveliina.e.salminenathus.fi / 040 7286326

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten parafiinileikkeestä tai tuorekudospalasta. Kudospala ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Analyysi sisältää sekvenssimuutosten analysoinnin.

Eksomitutkimuksessa keskitytään ensisijaisesti kliinisesti merkittävien tautigeenien (OMIM-geenit) muutosten analysointiin ja tulkintaan.

Analyysissä voidaan tunnistaa yhden emäksen muutokset (single nucleotide variant), pienet (< 150 bp) insertiot ja deleetiot, silmukoitumisalueen välittömässä läheisyydessä (+/-8 bp) sijaitsevat muutokset. Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, kopiolukumuutokset, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tietyillä genomisilla alueilla (esim. nk. pseudogeenialueet) käytetty menetelmä ei pysty luotettavasti tunnistamaan perimän muutoksia.

Parafiinileikkeiden osalta on lisäksi huomioitava, että lähtömateriaalin laatu voi vaikuttaa sekvensointituloksen kattavuuteen ja siten muutosten havaitsemisen varmuuteen.

Tulokset valmiina

8 viikon kuluessa näyteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa eksomisekvensoinnin tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim matala lukupeitto, insertio/deleetio, manuaalitar kastelussa epävarmuus). Eksomitutkimuslausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Tulkinta

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella mahdollisesti liittyvät potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan.

Suodatettujen varianttien merkitystä suhteessa esitiedoissa annettuihin fenotyyppitietoihin arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään avoimet variantit (VUS) raportoidaan. Peittyvästi periytyvien sairauksien kantajuuksia, monitekijäisten tautien riskialleeleita tai lääkeainemetaboliaan vaikuttavia geenimuutoksia ei raportoida.

ACMG sivulöydökset

Tutkittavan niin toivoessa, analysoidaan myös ACMG59-sivulöydöslistan geenit, ja lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä.

Tilaajan tulee täyttää yhdessä potilaan kanssa suostumuslomake (informed consent). Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake toimitetaan HUSLAB Genetiikan laboratorioon.

Suostumus eksomisekvensointiin

Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti.

Tämä tutkimusnimike käsittää vain eksomisekvensoinnin ja sekvenssimuutosten havaitsemisen. Mikäli halutaan tehdä myös molekyylikaryotyypitys suurempien kopiolukumuutosten tunnistamiseksi, tulee se tilata erikseen tutkimusnumerolla 20845 (B-MKSyn). Mikäli halutaan myös mitokondrio-DNA:n läpisekvensointi, tulee se tilata erikseen tutkimusnumerolla 22064 (B-NGSmMT2). Kiireellisen tutkimuksen hintaa voi tiedustella laboratoriosta.

Tutkimus Ts-ExSeq-D päivitetty 10.12.2020 / MK

Sivun alkuun

Viimeisin päivitys: 17.01.2021 klo 01:09.