HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-ExSeq-D (21810) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Perimän koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi, kun potilaan diagnoosi on avoin. Alle 6 kuukauden ikäisiltä suositellaan pyydettäväksi tutkimus vanhempien näytteiden kanssa (23130 Ts -ExTri-D).

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten ihosta, istukasta, lapsivedestä, parafiinileikkeestä tai tuorekudospalasta. Kudospala ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

8 viikon kuluessa näyteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa eksomisekvensoinnin tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim matala lukupeitto, insertio/deleetio, manuaalitar kastelussa epävarmuus). Eksomitutkimuslausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Tulkinta

Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. Analyysissä hyödynnetään HPO-termejä Human Phenotype Ontology. Näiden termien ilmoittaminen lähetteessä selkeästi varmistaa, että tulosten analyysissä käytetään potilaan sairauden kannalta keskeisiä tietoja. Analyysissä hyödynnetään ilmoitettuja HPO-termejä, mutta analyysiä ei rajata yksinomaan niihin liitettyihin geeneihin.

Tutkimus sisältää sekvenssimuutosten analysoinnin. Analyysissä voidaan tunnistaa yhden emäksen muutokset (single nucleotide variant), pienet (< 150 bp) insertiot ja deleetiot, silmukoitumisalueen välittömässä läheisyydessä (+/-8 bp) sijaitsevat muutokset. Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Kopiolukuanalyysissä (tehdään muille kudosnäytteille paitsi parafiinileikkeille) voidaan tunnistaa deleetiot ja duplikaatiot, jotka kattavat vähintään yhden kokonaisen eksonin. Myös isot, useamman Mb suuruiset kopiolukumuutokset voidaan havaita, sisältäen tunnetut mikrodeleetio-/duplikaatiosyndroomat ja koko kromosomin kattavat trisomiat. (Mosaiikkimuotoiset koko kromosomin kattavat trisomiat voi jäädä havaitsematta). Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru/SEKVY tutkimus), josta otetaan lisämaksu.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tietyillä genomisilla alueilla (esim. nk. pseudogeenialueet) käytetty menetelmä ei pysty luotettavasti tunnistamaan perimän muutoksia.

Parafiinileikkeiden osalta on lisäksi huomioitava, että lähtömateriaalin laatu voi vaikuttaa sekvensointituloksen kattavuuteen ja siten muutosten havaitsemisen varmuuteen.

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella mahdollisesti liittyvät potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan. Kopiolukuanalyysi kohdennetaan ensisijaisesti annosvaikutukseltaan haitallisiin alueisiin ja geeneihin (ClinGen), DECIPHER syndrooma -geeneihin ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella liittyivät potilaan kliiniseen ilmiasuun.

Suodatettujen varianttien merkitystä suhteessa esitiedoissa annettuihin fenotyyppitietoihin arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään avoimet variantit (VUS) raportoidaan. Peittyvästi periytyvien sairauksien kantajuuksia, monitekijäisten tautien riskialleeleita tai lääkeainemetaboliaan vaikuttavia geenimuutoksia ei raportoida.

ACMG-sivulöydökset

Tutkittavan niin toivoessa, analysoidaan myös ACMG SF v3.2 -sivulöydöslistan geenit, ja lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.

Huomautuksia

Tilaajan tulee täyttää yhdessä potilaan kanssa suostumuslomake (informed consent) ennen tutkimuksen tilaamista. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake toimitetaan HUSLAB Genetiikan laboratorioon postitse (HUSLAB Genetiikan laboratorio, PL 720, 00029 HUS) tai faksilla (09-471 74001).

Suostumus eksomisekvensointiin

Samtycke till exomsekvensering

Consent for exome sequencing

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä.

Vanhempien näytteiden tutkiminen yhdessä potilaan näytteen kanssa (nk. trio-eksomi) parantaa mahdollisuutta oikeaan molekyyligeneettiseen löydökseen pääsemiseen ja vähentää merkitykseltään avoimien muutosten raportointia. Mikäli halutaan tutkia myös vanhempien näytteet, potilaan tutkimus tilataan tutkimusnumerolla 23130 (Ts-ExTri-D) ja vanhempien tutkimukset tutkimusnumerolla 23140 (B-ExKon-D).

Kiireellisten sikiöaikaisten tutkimusten ensisijaisena menetelmänä käytetään edelleen molekyylikaryotyypitystä (Am-MKsyn 21436, Cv-MKsyn 21435). Mikäli halutaan myös mitokondrio-DNA:n läpisekvensointi, tulee se tilata erikseen tutkimusnumerolla 22064 (B-NGSmMT2).