HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-BRCAMut (22058) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai puh. 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

BRCA1- tai BRCA2-geenivirheiden tutkiminen kudosnäytteestä.

Näyte

Parafiinileikkeet ja HE-lasi tai parafiiniblokki ja HE-lasi. Mikäli tuumorinäytteestä halutaan tutkia somaattisia muutoksia, patologi valitsee kudosblokista edustavan kohdan, joka sisältää vähintään 30 % tuumorisoluja. Mikäli kudosnäytteestä tutkitaan ainoastaan perinnöllistä syöpäalttiutta, suositellaan tutkittavaksi ensisijaisesti syöpäpotilaan normaalia, tervettä kudosta. Tuumorikudosta voidaan tutkia ainoastaan, mikäli verinäytettä tai tervettä kudosta ei ole käytettävissä ja tällöin tulee valita näyte, jossa kasvainsolujen osuus on mahdollisimman pieni.

Näytteeksi tarvitaan 4-8 kpl 10 mikrometrin paksuista parafiinileikettä pieneen muovipurkkiin (esim. formaliinipurkkiin). Tutkimusta ei suositella tehtäväksi viittä vuotta vanhemmista parafiiniblokeista. Vaihtoehtoisesti tuorekudosnäyte ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Näyte lähetetään huoneenlämmössä laboratorioon. Kasvainnäytteestä tehtävän tutkimuksen yhteydessä lähetetään lisäksi 3-5 ml EDTA-verta ituratatutkimusta varten, mikäli mahdollista.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Mikäli tehdään varmistus verinäytteestä, tästä annetaan lisälausunto kuukauden kuluessa ensimmäisestä vastauksesta.

Yleistä

BRCA1- ja BRCA2-geenit ovat kasvunrajoitegeenejä, jotka osallistuvat DNA:n virheiden korjaukseen. Lisäksi niiden on osoitettu säätelevän muiden geenien ilmentymistä. BRCA1-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-80 % ja munasarjasyöpään noin 25-50 %. BRCA2-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-70 % ja munasarjasyöpään noin 10-20 %. BRCA1- ja BRCA2-geenin mutaatiot lisäävät riskiä sairastua myös eräisiin muihin syöpiin.

Munasarjasyöpäkasvaimista noin 15-20 %:ssa todetaan BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatio. Näistä mutaatioista noin 75 % on ituradasta peräisin.

BRCA1- ja BRCA2-geenipaneelilla voidaan tutkia näiden kahden syöpäalttiusgeenin proteiinia koodaavat eksonialueet. Näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent Proton-laitteella.

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter -ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, keskimääräinen peitto kohdealueilla, tutkimuksen herkkyys, todettu mutaatio/mutaatiot ja mutanttialleelin osuus peitosta. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. Jos kudosnäytteestä tehtävässä tutkimuksessa todetaan mutaatio, selvitetään verinäytteen jatkotutkimuksella, esiintyykö mutaatio myös ituradassa. Tästä annetaan erillinen lisälausunto.

Menetelmä ei tunnista eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita. Suuria, BRCA1- ja BRCA2-geenien eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita tutkitaan MLPA-analyysillä, mikäli kudosnäytteen mukana tulee myös potilaan verinäyte.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kahden viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.

Yli 5 vuotta vanhemmista tai muutoin huonolaatuisista kudosnäytteistä tutkimus saattaa onnistua vain osittain ja silloin pyritään vastamaan 97 Suomessa aikaisemmin todettua BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatiota. Ajantasainen lista näistä geenivirheistä on saatavissa laboratoriostamme.