HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-BrOvMut (22060) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai puh. 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

Periytyvän rinta- tai munasarjasyöpäalttiuden tai syöpäalttiusoireyhtymän epäily. Kasvaimen somaattisten mutaatioiden tutkiminen.

Näyteastia

EDTA-putki

Näyte

Parafiinileikkeet ja HE-lasi tai parafiiniblokki ja HE-lasi. Tutkittaessa kudosnäytteestä perinnöllistä syöpäalttiutta suositellaan tutkittavaksi ensisijaisesti syöpäpotilaan normaalia, tervettä kudosta. Tuumorikudosta voidaan tutkia ainoastaan, mikäli verinäytettä tai tervettä kudosta ei ole käytettävissä ja tällöin tulee valita näyte, jossa kasvainsolujen osuus on mahdollisimman pieni.

Mikäli tuumorinäytteestä halutaan tutkia somaattisia muutoksia, patologi valitsee kudosblokista edustavan kohdan, joka sisältää vähintään 30 % tuumorisoluja.

Näytteeksi tarvitaan 4-8 kpl 10 mikrometrin paksuista parafiinileikettä pieneen muovipurkkiin (esim. formaliinipurkkiin). Tutkimusta ei suositella tehtäväksi viittä vuotta vanhemmista parafiiniblokeista. Vaihtoehtoisesti tuorekudosnäyte ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Näyte lähetetään huoneenlämmössä laboratorioon. Kasvainnäytteestä tehtävän somaattisen tutkimuksen yhteydessä lähetetään lisäksi 3-5 ml EDTA-verta ituratatutkimusta varten, mikäli mahdollista.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Mikäli tehdään varmistus verinäytteestä, tästä annetaan lisälausunto kuukauden kuluessa ensimmäisestä vastauksista. Vanhoista kudosnäytteistä tehtyjen tutkimusten vastausaika voi myös olla tavallista pidempi.

Yleistä

In house-syöpägeenipaneelilla voidaan tutkia rintasyöpään, munasarjasyöpään tai syöpäalttiusoireyhtymään liittyvien 16 geenin (BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11 ja TP53) proteiinia koodaavat eksonialueet sekä 4 Suomessa aikaisemmin todettua ATM-geenin mutaatiota (c.6908dupA, c.7271T>G, c.7570G>C ja c.8734A>G). BLM- ja DICER1-geenit tutkitaan lisäksi erikseen pyydettäessä. Saadusta näytteestä eristetään DNA ja kohdealueitten emäsjärjestys määritetään PCR-amplikonien sekvensointiin perustuvalla menetelmällä Ion Torrent -laitteistolla. Paneeli kattaa myös MLH1-geenin suomalaisen valtamutaation, eksonin 16 in frame -deleetion (eli nk. mutaatio I). Menetelmä ei tunnista muita tutkittujen geenien eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita. Suuria, BRCA1- ja BRCA2-geenien eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita tutkitaan MLPA-analyysillä, mikäli kudosnäytteen mukana tulee myös potilaan verinäyte.

Paneelista voidaan myös pyytää tutkittavaksi ainoastaan tilaajan haluamat geenit.

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter-ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todetut muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. Ns. alhaisen riskin muutoksia, joilla ei ole kliinistä/prediktiivistä merkitystä kuten esim. BRCA2 c.9976A>T p.(Lys3326Ter) ei lausuta. CHEK2-geenin missense-muutoksiin (mukaan lukien c.470T>C p.(Ile157Thr)) on raportoitu liittyvän vain hieman kohonnut riski eikä niitä pääsääntöisesti lausuta.

Jos kudosnäytteestä tehtävässä tutkimuksessa todetaan BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatio, selvitetään verinäytteen jatkotutkimuksella, esiintyykö mutaatio myös ituradassa. Tästä annetaan erillinen lisälausunto. Mikäli kudosnäytteestä todetun mutaation esiintyminen ituradassa halutaan selvittää muiden geenien kuin BRCA1- ja BRCA2-geenien osalta, tutkimus tulee pyytää erillisenä lisätutkimuksena (20464 B-SEKVY-D).

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kahden viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.