HUSLAB

Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan

Periytyvä rinta- ja munasarjasyöpäalttius, NGS-menetelmällä, kudosnäytteestä

22060 Ts-BrOvMut

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai puh. 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Yhteyshenkilöt

sairaalageneetikko Heli Nevanlinna: heli.nevanlinnaathus.fi / 09 471 71750 / 050-427 1998

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

Periytyvän rinta- tai munasarjasyöpäalttiuden tai syöpäalttiusoireyhtymän epäily. Munasarjasyöpäkasvaimen somaattisten mutaatioiden tutkiminen.

Näyteastia

EDTA-putki

Näyte

Parafiinileikkeet ja HE-lasi tai parafiiniblokki ja HE-lasi. Tutkittaessa kudosnäytteestä perinnöllistä syöpäalttiutta suositellaan tutkittavaksi ensisijaisesti syöpäpotilaan normaalia, tervettä kudosta. Tuumorikudosta voidaan tutkia ainoastaan, mikäli verinäytettä tai tervettä kudosta ei ole käytettävissä ja tällöin tulee valita näyte, jossa kasvainsolujen osuus on mahdollisimman pieni.

Mikäli tuumorinäytteestä halutaan tutkia somaattisia muutoksia, patologi valitsee kudosblokista edustavan kohdan, joka sisältää vähintään 30 % tuumorisoluja.

Näytteeksi tarvitaan 4-8 kpl 10 mikrometrin paksuista parafiinileikettä pieneen muovipurkkiin (esim. formaliinipurkkiin). Tutkimusta ei suositella tehtäväksi viittä vuotta vanhemmista parafiiniblokeista. Vaihtoehtoisesti tuorekudosnäyte ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Näyte lähetetään huoneenlämmössä laboratorioon. Kasvainnäytteestä tehtävän somaattisen tutkimuksen yhteydessä lähetetään lisäksi 3-5 ml EDTA-verta ituratatutkimusta varten, mikäli mahdollista.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tulokset valmiina

4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Mikäli tehdään varmistus verinäytteestä, tästä annetaan lisälausunto kuukauden kuluessa ensimmäisestä vastauksista. Vanhoista kudosnäytteistä tehtyjen tutkimusten vastausaika voi myös olla tavallista pidempi.

Yleistä

In house-syöpägeenipaneelilla voidaan tutkia rintasyöpään, munasarjasyöpään tai syöpäalttiusoireyhtymään liittyvien 18 geenin (BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, FANCM, MCPH1, MLH1, MSH2, MHS6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11 ja TP53) proteiinia koodaavat eksonialueet sekä 4 Suomessa aikaisemmin todettua ATM-geenin mutaatiota. BLM- ja DICER1-geenit tutkitaan lisäksi erikseen pyydettäessä. Saadusta näytteestä eristetään DNA ja kohdealueitten emäsjärjestys määritetään PCR-amplikonien sekvensointiin perustuvalla menetelmällä Ion Torrent -laitteistolla.

Paneelista voidaan myös pyytää tutkittavaksi ainoastaan tilaajan haluamat geenit.

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter -ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, keskimääräinen peitto kohdealueilla, tutkimuksen herkkyys, todettu mutaatio/mutaatiot ja mutanttialleelin osuus peitosta. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. Ns. alhaisen riskin muutoksia, joilla ei ole kliinistä/prediktiivistä merkitystä kuten esim. BRCA2 c.9976A>T p.(Lys3326Ter) tai CHEK2 c.470T>C p.(Ile157Thr), ei lausuta.

Jos kudosnäytteestä tehtävässä tutkimuksessa todetaan BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatio, selvitetään verinäytteen jatkotutkimuksella, esiintyykö mutaatio myös ituradassa. Tästä annetaan erillinen lisälausunto. Mikäli kudosnäytteestä todetun mutaation esiintyminen ituradassa halutaan selvittää muiden geenien kuin BRCA1- ja BRCA2-geenien osalta, tutkimus tulee pyytää erillisenä lisätutkimuksena (20464 B-SEKVY-D).

Menetelmä ei tunnista tutkittujen geenien eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita. Tutkimukseen sisältyy BRCA1-geenin eksonin 13 duplikaation tutkiminen MLPA-menetelmällä, mikäli kudosnäytteen mukana tulee myös potilaan verinäyte. BRCA1- ja BRCA2-geenien MLPA-tutkimus eksonitasoisten muutosten toteamiseksi verinäytteestä voidaan tilata lisätutkimuksena (21437, B -BRCAdel).

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kahden viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.

Yli 5 vuotta vanhemmista tai muutoin huonolaatuisista kudosnäytteistä tutkimus saattaa onnistua vain osittain ja silloin pyritään vastamaan 78 Suomessa aikaisemmin todettua BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatiota. Ajantasainen lista näistä geenivirheistä on saatavissa laboratoriostamme.

Tutkimus Ts-BrOvMut päivitetty 03.07.2019 / HN

Sivun alkuun

© HUSLAB-liikelaitos. Ohjekirjajärjestelmästä vastaa Janne Suvisaari.
Ohjekirjasivuston viimeisin automaattinen päivitys: 19.10.2019 klo 01:10.