HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen B -NGSmMT2 (22064) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

Pääsääntöisesti mitokondriotautiepäilyssä mtDNA:n läpisekvensointi kannattaa tehdä kudosnäytteestä, jolloin pyyntö tehdään tutkimusnumerolla 22065 (Ts-NGSmMT2). Tietyissä poikkeustapauksissa voidaan käyttää verinäytettä, kuten vaikeissa lapsuus- ja nuoruusiän mitokondriosairauksissa ja Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikassa.

Näyteastia

EDTA-putki

Näyte

7-10 ml EDTA verta (lapsesta vähintään 3 ml). Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk.

Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tulokset valmiina

Kymmenen viikon kuluessa näytteen saapumisesta.

Yleistä

Tauteja aiheuttavia mitokondrioiden DNA:n (mtDNA) mutaatioita on kirjallisuudessa kuvattu yli 100. Ne selittävät kirjallisuuden mukaan 20-30 % lapsuusiän monimuotoisista mitokondriotaudeista, joihin liittyy hengitysketjun entsyymipuutos (esim. enkefalomyopatiat, vaikeat laktasidoosit, Leigh'n enkefalopatiat, kuuloviat, kardiomyopatiat). mtDNA:n mutaatiot ovat myös useiden aikuisiän lihastautien, keskushermosto-oireistojen (esim. stroke-tyyppiset kohtaukset lapsuus-, nuoruus- tai aikuisiällä, erityyppiset monimuotoiset neurodegeneratiiviset sairaudet, neuropsykiatriset oireistot, epilepsiat), sensorineuraalisten kuulovikojen, Leber-tyyppisten optikusatrofioiden ja kardiomyopatioiden taustalla. Yleensä näiden tautien taudinkulku on progressiivinen ja taudit voivat puhjeta millä iällä tahansa.

MtDNA:n pistemutaatiot periytyvät maternaalisesti kaikille lapsille mutaation määrän vaihdellessa sattumanvaraisesti. Mutantin mtDNA:n määrä korreloi yleensä hyvin sairauden vakavuuteen, jos määrä on alhainen, voi henkilö olla täysin oireeton.

Tutkimuksessa analysoidaan mtDNA:n emäkset 41-16465, eli koko mtDNA lukuunottamatta 144 bp kokoista D-loopin aluetta, jossa ei ole kuvattu tauteihin liittyviä mutaatioita. mtDNA-mutaatiotutkimus tehdään tyypillisesti lihasnäytteestä. Verinäyte on sopiva vain poikkeustapauksissa (mm. Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikka).

Koko mtDNA:n kattavan mutaatioanalyysin vaihtoehtona on tilata yksittäisten yleisimpien mtDNA:n pistemutaatioiden analyyseja. Näitä ovat MELAS-syndrooma (mitokondriaalinen enkefalomyopatia, maitohappoasidoosi ja varhaisen iän aivoinfarktit: m.3243A>G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), MIDD-syndrooma (maternally inherited diabetes and deafness: m.3243A>G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), NARP- ja MILS-syndroomat (neuropatia, ataksia, retinitis pigmentosa, sekä maternal-inherited Leigh syndrome: 4666 B -NARP-D) ja Leberin optikusatrofia (4672 B-LEBER-D). Suvussa tunnetun mtDNA-mutaation tutkimus voidaan tilata sukulaisen näytteestä numerolla 20464 (B -SEKVY-D) tai 20657 (Ts-SEKVY-D).

Jos halutaan laajempi mitokondriosairauksien etiologinen tutkimus, voidaan mtDNA:n läpisekvensointi tilata samanaikaisesti 40 tuman geenin sekvensoinnin kanssa numerolla 22069 (Ts-NGSpMT1, kudosnäytteestä) tai 22068 (B-NGSpMT1, verestä).

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin varianttitunnistusta ja laboratorion omaa analyysilinjastoa. Mikäli mutaatioanalyysissä löytyy mtDNA:n mutaatio, joka on aiemmin todettu patogeeniseksi, löydös on diagnostinen taudille. Patogeeniset mutaatiot esiintyvät yleensä heteroplasmisina eli näytteessä on mutantti-mtDNA:ta ja normaalia mtDNA:ta. Muutamissa poikkeustapauksissa, kuten Leberin optikusatrofiassa ja Leigh'n taudissa, on läsnä lähes pelkästään mutantti muoto (homoplasminen mutaatio).

Mikäli analyysissä löytyy uusi mtDNA:n variantti, jota ei ole aiemmin raportoitu patologisena tai normaalivarianttien tietokannoissa, variantin patogeenisyyden selvittämiseksi tarvitaan jatkotutkimuksia, esim. variantin tutkimus perheenjäsenten näytteistä.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kolmen viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.

MtDNA:n analyysi tulee tehdä potilaan lihasnäytteestä eristetystä DNA:sta, koska mutantti-mtDNA voi valikoitua pois veren soluista, vaikka sitä on muissa kudoksissa. Poikkeuksena tähän ovat sellaiset tautityypit, joissa tiedetään mutantti-mtDNA:n olevan läsnä veressä (Leberin optikusatrofia, NARP, MILS) ja nuoruus- ja lapsuusiän vaikeat mitokondriotaudit.