HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-NGSgMT3 (22067) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Lähete

Geneettiset tutkimukset

Indikaatiot

Samat indikaatiot kuin tutkimuksella B-NGSgMT3 (22066, Mitokondriotauteihin liittyvien tuman geenien sekvensointi NGS-menetelmällä, verestä). Voidaan käyttää verinäytteestä tehtävän tutkimuksen sijasta, jos potilaasta on aiemmin tehty DNA-eristys esim. lihaksesta.

Näyteastia

Eppendorf-putki

Näyte

Lihasnäyte otetaan kuivaan mikrosentrifugiputkeen (Eppendorf-putki tai vastaava) ja tuodaan välittömästi jäissä Genetiikan laboratorioon. Mikäli näytettä ei voida tuoda välittömästi, on näyte pakastettava mahdollisimman nopeasti (nopea syväjäädytys) ja pakattava hiilihappojäihin styrox-laatikkoon. Näyte ei saa sulaa kuljetuksen aikana. Näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS. Kiireelliset näytteet pyydetään merkitsemään paketin ulko- ja sisäpuolelle merkinnällä "Kiireellinen".

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tulokset valmiina

Kymmenen viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Mikäli aikaisemmin kuvaamaton mutaatio joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä, tästä annetaan lisälausunto jälkikäteen.

Yleistä

Tuman geenivirheiden aiheuttamat mitokondriosairaudet voivat periytyä resessiivisesti, dominantisti, tai harvemmin X-kromosomaalisesti (esim. PDHA1-geenivirheet). Mitokondriotautien alkamisikä vaihtelee aivan vastasyntyneisyyskaudesta aikuisiässä alkavaan tautiin ja yleensä näiden tautien taudinkulku on progressiivinen. Mitokondriotautien tyypillisiä oireita ovat yksi tai useampi seuraavista: neurologiset oireet (mm. ataksia, neuropatia, epilepsia, enkefalopatia, neuropsykiatriset oireistot), myopatia, progressiivinen eksterni oftalmoplegia (PEO), hepatopatia, optikusatrofia, kardiomyopatia, ja vaikeimmissa tautimuodoissa todettava laktaattiasidoosi.

In house -geenipaneelilla tutkitaan 40 tuman geeniä, joiden geenivirheitä on aiemmin kuvattu mitokondriosairauksien tai samankaltaisten oireiden taustalla: AARS2, ACAD9, ADCK3, ADCK4, BCS1L, BTD, C10orf2 (= Twinkle), C12orf65, COQ2, COQ4, COQ6, COQ7, COQ9, DGUOK, FARS2, FOLR1, HIBCH, HLCS, MFN2, MPV17, MRPL44, NDUFS7, OPA1, PDHA1, PDSS1, PDSS2, POLG, POLG2, RRM2B, SERAC1, SLC19A3, SLC25A4 (=ANT1), SLC52A2, SLC52A3, SUCLG1, SUCLA2, TK2, TPK1, TSFM, TYMP. Tutkimus kattaa valtaosasta tutkittavia geenejä proteiinia koodaavat eksonialueet kokonaan (100%), mutta seuraavista geeneistä koodaavat alueet on katettu vain pääosin: ADCK3 (99,6%), ADCK4 (98%), COQ4 (99%), FOLR1 (98%), OPA1 (97%), PDSS1 (98%), POLG2 (92%), SERAC1 (99%), SLC25A4 (99%), SLC52A2 (99%), SLC52A3 (99 %), SUCLA2 (98%), TK2 (88%), TYMP (96%). Saadusta näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent PGM-laitteella.

Tutkittavista geeneistä C10orf2 (=Twinkle), dGUOK, OPA1, MPV17, POLG, POLG2, RRM2B, SUCLG1, SUCLG2, TK2, ANT1 (SLC25A4) ja TYMP liittyvät varhaislapsuuden aivo- ja/tai maksa- tai lihas-spesifiseen mtDNA- depleetiosyndroomaan, nuoruusiän/aikuisiän ataksia-epilepsia-neuropatia taudinkuviin tai aikuisiän mitokondriaalisiin lihastauteihin. Näiden geenien virheiden on kuvattu aiheuttavan sekundaarisesti joko mitokondriaalisen DNA:n (mtDNA:n) multippeleita deleetioita tai mtDNA:n depleetiota, joten tutkimusta suositellaan jatkotutkimuksena kun lihaksen/maksan mtDNA:n rakenneanalyysissä todetaan multippeleita deleetioita tai depleetio.

AARS2, MRPL44 ja TSFM liittyvät monimuotoisiin lapsuus- ja nuoruusiän tauteihin, kuten leukoenkefalopatiaan, Leigh'n tautiin, kardiomyopatiaan, optikusatrofiaan ja neuropatiaan. C12orf65, FARS2, PDHA1, NDUFS7, SERAC1 SLC19A3, ACAD9, BCS1L, BTD, COQ4, COQ6, COQ7, COQ9, FOLR1, HIBCH, HLCS, PDSS1, PDSS2 ja TPK1 geenien tiedetään liittyvän lapsuus- ja nuoruusiän neurologisiin sairauksiin.

Hoidettavat aivotaudit: Osa tutkittavista taudeista on hoidettavia. Niissä aikainen diagnoosi on ensiarvoisen tärkeä, sillä hoidolla saatetaan estää taudin eteneminen ja jopa parantaa potilas. SLC19A3-geenin mutaatioiden aiheuttamassa aikaisessa enkefalopatiassa potilaat hyötyvät biotiini-tiamiinihoidosta, FOLR1-taudeissa folinaattihoidosta, ja TPK1-potilaat tiamiinihoidosta, ACAD9 riboflaviinista, PDHA1-potilaat vähähiilihydraattisesta dieetistä, BTD- ja HLSC-potilaat biotiinista, ja ubikinoniaineenvaihdunnan puutoksiset (COQ4, COQ6, COQ7, COQ9, PDSS1 ja PDSS2) ubikinonilisästä.

Jos halutaan laajempi mitokondriosairauksien tutkimus, voidaan tuman geenien sekvensointi tilata samanaikaisesti mtDNA:n läpisekvensoinnin kanssa kudosnäytteestä numerolla 22069 (Ts-NGSpMT1) tai tietyissä poikkeustapauksissa verinäytteestä numerolla 22064 (B -NGSmMT2). Jos kliininen oirekuva viittaa selvästi POLG-geenivirheiden aiheuttamaan tautiin, voidaan pyytää pelkkä POLG-valtamutaatiotutkimus (20035 B -POLG-D).

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter-ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todetut muutokset. Tarvittaessa todettu muutos varmistetaan suoralla sekvensoinnilla. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset muutokset jätetään lausumatta. Menetelmä ei tunnista kaikkia eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos kolmen viikon sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.