HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen -Xpand-D (22356) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Aiemmin tehdyn geenipaneelitutkimuksen täydentäminen silloin kun epäily geneettisestä etiologiasta on vahva ja geenipaneelitutkimuksessa ei ole löytynyt etiologiaa selittävää. Tutkimusta voidaan käyttää useissa eri indikaatioissa osana diagnostisia selvityksiä, kun sairauden geneettinen etiologia on avoin. Tällä nimikkeellä voidaan tilata geenipaneelin laajennus silloin, kun geenipaneelitutkimus on tehty Genetiikan laboratoriossa tai Fulgent-laboratoriossa.

Suoritus

Aiemmin tehdyn geenipaneelitutkimuksen analysointi ja tulkita laajennetaan genominlaajuiseksi esimerkiksi kattamaan koko eksomi.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi) sisältäen kopiolukuanalyysin. Aiemmin tehty tutkimus analysoidaan laajempana.

Tulkinta

Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. Analyysissä hyödynnetään HPO-termejä Human Phenotype Ontology. Näiden termien ilmoittaminen lähetteessä selkeästi varmistaa, että tulosten analyysissä käytetään potilaan sairauden kannalta keskeisiä tietoja.

Tutkimus sisältää sekvenssimuutosten analysoinnin. Analyysissä voidaan tunnistaa yhden emäksen muutokset (single nucleotide variant), pienet (< 150 bp) insertiot ja deleetiot, silmukoitumisalueen välittömässä läheisyydessä (+/-8 bp) sijaitsevat muutokset. Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Kopiolukuanalyysi voidaan suorittaa, mikäli data on tuotettu Genetiikan laboratoriossa ja alkuperäisen näytteen laatu on riittävä kopiolukuanalyysiin. Kopiolukuanalyysissä (parafiinileikkeille analyysi tehdään vain kohdennetusti, joko paneeleille tai erikseen pyydetyille geeneille) voidaan tunnistaa deleetiot ja duplikaatiot, jotka kattavat vähintään yhden kokonaisen eksonin. Myös isot, useamman Mb suuruiset kopiolukumuutokset voidaan havaita, sisältäen tunnetut mikrodeleetio-/duplikaatiosyndroomat ja koko kromosomin kattavat trisomiat. (Mosaiikkimuotoiset koko kromosomin kattavat trisomiat voi jäädä havaitsematta). Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, jos geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei ole sekvensoitu. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru/SEKVY tutkimus), josta otetaan lisämaksu.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tietyillä genomisilla alueilla (esim. nk. pseudogeenialueet) käytetty menetelmä ei pysty luotettavasti tunnistamaan perimän muutoksia.

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja sellaisiin geeneihin, joiden patogeeniset muutokset saatujen esitietojen perusteella voivat mahdollisesti liittyä potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan. Kopiolukuanalyysi kohdennetaan ensisijaisesti annosvaikutukseltaan haitallisiin alueisiin ja geeneihin (ClinGen, DECIPHER), joiden haitalliset muuotokset saatujen esitietojen perusteella liittyivät potilaan kliiniseen ilmiasuun.

Suodatettujen muutosten merkitystä arvioidaan suhteessa esitiedoissa annettuihin fenotyyppitietoihin ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään epäselvät variantit (VUS) raportoidaan. Peittyvästi periytyvien sairauksien kantajuuksia, monitekijäisten tautien riskialleeleita tai lääkeainemetaboliaan vaikuttavia geenimuutoksia ei raportoida.

ACMG-sivulöydökset

Tutkittavan niin toivoessa, analysoidaan myös ACMG SF v3.2 -sivulöydöslistan geenit, ja lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.

Huomautuksia

Koska analyysi tehdään aiemmin tehdystä tutkimuksesta, laboratorioon ei lähetetä uutta näytettä. Alkuperäinen HUSLABin tutkimusnumero on mainittava lähetteessä. Pyynnön tekemisestä tulee aina ilmoittaa myös puhelimitse Genetiikan laboratorioon toimistoon 09 471 74339.

Tilaajan tulee täyttää yhdessä potilaan kanssa suostumuslomake (informed consent) ennen tutkimuksen tilaamista. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake toimitetaan HUSLAB Genetiikan laboratorioon postitse (HUSLAB Genetiikan laboratorio, PL 720, 00029 HUS) tai faksilla (09-471 74001).

Suostumus eksomisekvensointiin

Samtycke till exomsekvensering

Consent for exome sequencing

Kiireellisistä tutkimuksista on tiedusteltava erikseen laboratoriosta. Tällä tutkimusnumerolla voi tilata tulosten laajemman analyysin Genetiikan laboratoriossa sekvensoidusta paneelitutkimuksesta (esim. B -NoonMut, B -LQTSMut, B -HemMut) tai Fulgent-laboratoriosta alihankituista geenipaneeleista (B-Panel-S). Alkuperäinen HUSLAB:n tutkimusnumero, jolla geenipaneelitutkimus on vastattu, on mainittava lähetteessä. Mikäli tutkimus halutaan uudesta näytteestä, tulee se tilata tutkimusnumerolla 21576 B-ExSeq-D.