HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-ExMut-D (23008) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

ExMut-geenipaneelia voidaan käyttää useissa eri indikaatioissa osana diagnostisia selvityksiä, kun sairauden taustalla epäillään geneettistä etiologiaa. Tällä nimikkeellä voidaan tilata haluttu geenisisältö kudosnäytteestä. Kun suvun patogeeninen muutos tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön tutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20657 Ts-SEKVY-D).

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten parafiinileikkeestä tai tuorekudospalasta. Kudospala ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

8 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim. matala lukupeitto, varmistusta vaativa insertio/deleetio tai kopiolukumuutos). Lausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Yleistä

Eksomisekvensointiin perustuva ituradan geenipaneeli -tutkimus kattaa tilaajan määrittämän geenisisällön. Tilaajan tulee määrittää itse toivotut geenit ja kirjata lista pyynnön yhteydessä. Mikäli tutkittavia geenejä on paljon (yli 20 geeniä), voi listan toimittaa esim. Excel-tiedostona sähköpostilla osoitteeseen huslab.bioinfo_hus.fi. Tutkimus tehdään eksomipohjaisena, joten ainoastaan eksomin kohdealueeseen sisältyviä geenejä voidaan valita ExMut-paneeliin. Geenin nimistä tulisi käyttää HGNC Approved Gene Symbol -nimeä. Mikäli tutkittavien geeninen määrä on suuri, suositellaan Ts-ExSeq-D -tutkimusta. Parafiininäytteistä tehtävälle geenipaneelille maksimimäärä geenejä on muutamia kymmeniä. Parafiinilastuista eristetyiden näytteiden laatu ei aina ole riittävän hyvä, jotta päästään tutkimukselle asetettuihin laatutavoitteisiin. Tällaisessa tapauksessa lausunnossa luetellaan mitkä alueet pyydetyistä geeneistä eivät tule katetuksi riittävällä peitolla. Tarvittaessa, jos kaikkia geenejä ei saada analysoitua, asiakkaaseen ollaan yhteydessä.

Mikäli toivottavan geenisisällön suhteen on epävarmuutta, sopivia geeni-tautipareja voi tarkastella esim. seuraavilla sivustoilla: https://clinicalgenome.org/affiliation/gcep/#ep_table_heading

https://panelapp.genomicsengland.co.uk/panels/

Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. ExMut-tutkimus ei sovellu somaattisten geenimuutosten tutkimukseen. Erillistä paperilähetettä tai suostumusta ei tarvita, mikäli kaikkiin pakollisiin lisäkysymyksiin on vastattu tietojärjestelmän (Apotti, LifeCare tms.) lähetelomakkeessa. Lähete täytetään suomeksi.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan pyydetty geenisisältö. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet ja silmukointiin vaikuttavat alueet (+/-20 bp). Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Kopiolukuanalyysissä voidaan tunnistaa deleetiot ja duplikaatiot, jotka kattavat vähintään yhden kokonaisen eksonin. Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Parafiinileikkeille CNV-analyysi tehdään vain kohdennetusti, joko paneeleille tai erikseen pyydetyille geeneille. Mikäli pyydetyn geenisisällön suhteen on epäselvyyttä tai epävarmuutta, ollaan tilaajaan yhteydessä.

Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu patogeeninen muutos. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut, ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru), josta otetaan lisämaksu.

Huomautuksia

Suuren geenipaneelin (yli 20 geeniä) pystytykseen liittyvästä lisätyöstä saatetaan veloittaa lisämaksu.

Tutkimusta ei voi tilata kiireellisenä.