HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen B -LQTSMut (23101) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Synnynnäisen pitkä QT -oireyhtymän diagnostiikka, kun suvun geenivirhe on tuntematon. Kun suvun geenivirhe tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön geenitutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20805 B-LQTY-D tai 20464 B-SEKVY-D silloin kun suvun geenivirhe ei ole mikään neljästä suomalaisesta valtamutaatiosta).

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

3-5 ml EDTA-verta (pieniltä lapsilta minimi näytemäärä on 1 ml EDTA-verta). Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk. Lähetys: Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

5 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim. matala lukupeitto, varmistusta vaativa insertio/deleetio tai kopiolukumuutos). Lausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Yleistä

Synnynnäinen pitkä QT -oireyhtymä (LQTS) on perinnöllinen, potentiaalisesti hengenvaarallisia rytmihäiriökohtauksia aiheuttava sairaus, joka ilmenee äkillisinä tajuttomuuskohtauksina ja aiheuttaa EKG:ssä havaittavan pidentyneen QT-ajan. LQTS johtuu sydänlihassolujen ionikanavien rakenteita koodaavien geenien mutaatioista. Yli 75 %:lla LQTS-diagnoosin saaneista todetaan geenivirhe sydänlihassolujen ionikanavageenissä. Bialleeliset mutaatiot KCNQ1-geenissä aiheuttavat Jervell ja Lange-Nielsenin oireyhtymää, johon liittyy myös synnynnäinen kuurous.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan 10 synnynnäiseen pitkä QT -oireyhtymään liitettyä geeniä (CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, SCN5A ja TRDN) sekvensoimalla. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet, silmukointiin vaikuttavat alueet (+-20 bp) ja tunnetut introniset muutokset (KCNH2 c.2399-28A>G, TRDN c.22+29A>G ja TRDN c.484+1189G>A). Kopiolukuanalyysissä voidaan tunnistaa deleetiot ja duplikaatiot, jotka kattavat vähintään yhden kokonaisen eksonin. Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru), josta otetaan lisämaksu.

Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu mutaatio. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset).

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana Fulgent Genetics -laboratoriosta. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä.