HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen B -HemMut (23150) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Perinnöllisen hematologisen taudin epäily, kun mutaatio on tuntematon. Kun suvun mutaatio tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön tutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20464 B-SEKVY-D).

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

3-5 ml EDTA-verta (pieniltä lapsilta minimi näytemäärä on 1 ml EDTA-verta). Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk. Lähetys: Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

6 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim. matala lukupeitto, varmistusta vaativa insertio/deleetio tai kopiolukumuutos). Lausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Yleistä

Perinnölliset hematologiset taudit voivat olla ilmiasultaan hyvin vaihtelevia lievistä solupuutoksista akuutteihin leukemioihin. Tämä laaja ituratageenipaneeli on suunniteltu kattamaan hyvin erilaisiin hematologisiin ilmiasuihin johtavien geenien muutoksia. Joidenkin geenien muutoksien on havaittu aiheuttavan myös lisääntynyttä riskiä kiinteille kasvaimille. Lähettävän lääkärin tulee selittää potilaalle, mitä hänestä tutkitaan ja myös mitä mahdollisten perinnöllisten muutosten löytyminen voi tarkoittaa hänelle tai hänen perheelleen. Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. Huomio: Tätä testiä ei suositella alfa- ja betatalassemian tai sirppisoluanemian diagnostiikkaan, vaan HBA1- ja HBA2 -geenien mutaattiotutkimuksen voi tilata erillisellä nimikkeellä 21434 B-HBA/B-D.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan 319 perinnöllisiin hematologisiin sairauksiin liitettyä geeniä: ABCB7, ABCG5, ABCG8, ACD, ACTN1, ADA2, ADAMTS13, AK1, AK2, ALAS2, AMN, ANK1, ANKRD26, ANO6, AP3B1, AP3D1, ARPC1B, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, BLM, BLOC1S3, BLOC1S6, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CASP10, CBL, CD46, CD59, CDAN1, CDC42, CDIN1, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CLCN7, CLPB, CSF2RA, CSF3R, CTC1, CTLA4, CUBN, CXCR4, CYB5R3, CYCS, DDX41, DCLRE1B, DHFR, DHX34, DIAPH1, DKC1, DNAJC21, DNASE2, DNMT3A, DTNBP1, EFL1, EGLN1, ELANE, EPAS1, EPB41, EPB42, EPOR, ERCC4, ERCC6L2, ERG, ETV6, EZH2, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2, F5, F7, F8, F9, FADD, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FERMT3, FGA, FGB, FGG, FLI1, FLNA, FLT3, FYB1, G6PC3, G6PD, GALE, GATA1, GATA2, GBA, GCLC, GFI1, GFI1B, GGCX, GINS1, GLRX5, GP1BA, GP1BB, GP6, GP9, GPI, GSS, HAX1, HBA1, HBA2, HBB, HFE, HK1, HMOX1, HOXA11, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, IDH1, IDH2, IFNGR2, IKZF1, IKZF2, IKZF5, ITGA2B, ITGB3, ITK, JAGN1, JAK2, KCNN4, KDM1A, KDSR, KIF23, KIT, KLF1, KRAS, LAMTOR2, LIG4, LMAN1, LPIN2, LRBA, LYST, MAD2L2, MAGT1, MBD4, MCFD2, MDM4, MECOM, MLH1, MMUT, MPIG6B, MPL, MPO, MRE11, MRTFA, MSH2, MSH6, MTHFD1, MTR, MYD88, MYH9, MYO5A, MYSM1, NAF1, NBEAL2, NBN, NF1, NFKB1, NHP2, NOP10, NOTCH1, NPM1, NRAS, NT5C3A, P2RY12, PALB2, PARN, PAX5, PCCA, PCCB, PDGFRA, PGK1, PGM3, PHF6, PIEZO1, PIK3CD, PIK3R1, PKLR, PLA2G4A, PLAU, PMS2, POT1, PRF1, PRKACG, PROC, PROS1, PTEN, PTPN11, PTPRJ, PUS1, RAB27A, RAC2, RAD50, RAD51, RAD51C, RASGRP2, RBBP6, RBM8A, RECQL4, REN, RHAG, RIT1, RMRP, RNF168, RNU4ATAC , RPA1, RPL11, RPL15, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS14, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SBF2, SEC23B, SERPINC1, SERPINF2, SH2B3, SH2D1A, SLC11A2, SLC19A2, SLC25A38, SLC37A4, SLC46A1, SLC4A1, SLFN14, SLX4, SMARCD2, SOCS1, SOS1, SPTA1, SPTB, SRC, SRP54, SRP72, STAT1, STAT3, STIM1, STN1, STX11, STXBP2, TAZ, TBXA2R, TBXAS1, TCIRG1, TCN2, TEK, TERC, TERT, TET2, TF, THBD, THPO, TINF2, TMPRSS6, TP53, TPI1, TPP1, TRNT1, TSR2, TUBB1, UBE2T, UNC13D, USB1, VHL, VKORC1, VPS13B, VPS45, VWF, WAS, WDR1, WIPF1, WRAP53, WT1, XIAP, XRCC2, YARS2 ja ZCCHC8 sekvensoimalla. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet ja silmukointiin vaikuttavat alueet (+/-20 bp). Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Saadusta sekvenssistä voidaan lisäksi tunnistaa yllä lueteltujen geenien kopiolukumuutokset (yksi kokonainen eksoni - usean Mb suuruiset muutokset, useita geenejä sisältävät alueet ja mm. kaikki mikrodeleetio/duplikaatiosyndroomat). Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu mutaatio. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tämä geenipaneeli ei sovellu myöskään somaattisten muutosten tutkimiseen. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru), josta otetaan lisämaksu.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä. Lisätietoja soveltuvan tutkimuksen valinnasta voi kysyä Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 1626137 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio_hus.fi