HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-HemMut (23151) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Indikaatiot

Perinnöllisen hematologisen taudin epäily, kun mutaatio on tuntematon. Kun suvun mutaatio tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön tutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20464 B-SEKVY-D). Geenipaneelia kudosnäytteestä suositellaan erityisesti, kun potilaalla on pahanlaatuinen veritauti, että voidaan erottaa veren/luuytimen somaattiset mutaatiot perinnöllisistä mutaatioista.

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten parafiinileikkeestä tai tuorekudospalasta. Kudospala ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Tarkemmat ohjeet ihonäytteen ottoon: Kudospala otetaan kuivaan mikrosentrifugiputkeen (Eppendorf-putki tai vastaava) ja tuodaan välittömästi jäissä Genetiikan laboratorioon. Mikäli näytettä ei voida tuoda välittömästi, on näyte pakastettava mahdollisimman nopeasti (nopea syväjäädytys) ja pakattava hiilihappojäihin styrox-laatikkoon. Näyte ei saa sulaa kuljetuksen aikana. Ihonäyte otetaan fibroblastiputkeen. Ihonpala voidaan ottaa ilman leikkaussalinomaisia olosuhteita. Näytteen potilaasta ottaa lääkäri. Sopivin näytteenottopaikka on kyynärvarren kämmenenpuoleinen alue, jossa iho on ohutta ja taipuisaa. Ihon puudutusta varten voidaan käyttää esim. EMLA-laastaria. Iho puhdistetaan 70 %:lla etanolilla. Ohuilla pinseteillä tartutaan pieneen ihopoimuun asettamalla se niin, että pinsetin sakaroiden yläpuolelle jää aivan pieni noin 3-4 mm:n pituinen ja parin mm:n korkuinen ihopoimu. Kun ihopoimu on valkoinen, viilletään kertakäyttöisellä skalpelliterällä sakaroiden yläpuolella jäävä ihosuikale irti. Saatu ihobiopsia siirretään viljelymediaa sisältävään fibroblastiputkeen, jonka voi tarvittaessa pyytää etukäteen laboratoriosta. Putkeen tulee kiinnittää potilastarra. Oikea ihon paksuus on saatu silloin, kun ihoon jäänyt haava vasta vähitellen täyttyy verellä. Haavan reunat kiinnitetään yhteen perhosteipillä. Haava paranee muutamassa päivässä.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

6 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim. matala lukupeitto, varmistusta vaativa insertio/deleetio). Lausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Yleistä

Perinnölliset hematologiset taudit voivat olla ilmiasultaan hyvin vaihtelevia lievistä solupuutoksista akuutteihin leukemioihin. Tämä laaja ituratageenipaneeli on suunniteltu kattamaan hyvin erilaisiin hematologisiin ilmiasuihin johtavien geenien muutoksia. Joidenkin geenien muutoksien on havaittu aiheuttavan myös lisääntynyttä riskiä kiinteille kasvaimille. Lähettävän lääkärin tulee selittää potilaalle, mitä hänestä tutkitaan ja myös mitä mahdollisten perinnöllisten muutosten löytyminen voi tarkoittaa hänelle tai hänen perheelleen. Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan 319 perinnöllisiin hematologisiin sairauksiin liitettyä geeniä: ABCB7, ABCG5, ABCG8, ACD, ACTN1, ADA2, ADAMTS13, AK1, AK2, ALAS2, AMN, ANK1, ANKRD26, ANO6, AP3B1, AP3D1, ARPC1B, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, BLM, BLOC1S3, BLOC1S6, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CASP10, CBL, CD46, CD59, CDAN1, CDC42, CDIN1, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CLCN7, CLPB, CSF2RA, CSF3R, CTC1, CTLA4, CUBN, CXCR4, CYB5R3, CYCS, DDX41, DCLRE1B, DHFR, DHX34, DIAPH1, DKC1, DNAJC21, DNASE2, DNMT3A, DTNBP1, EFL1, EGLN1, ELANE, EPAS1, EPB41, EPB42, EPOR, ERCC4, ERCC6L2, ERG, ETV6, EZH2, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2, F5, F7, F8, F9, FADD, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FERMT3, FGA, FGB, FGG, FLI1, FLNA, FLT3, FYB1, G6PC3, G6PD, GALE, GATA1, GATA2, GBA, GCLC, GFI1, GFI1B, GGCX, GINS1, GLRX5, GP1BA, GP1BB, GP6, GP9, GPI, GSS, HAX1, HBA1, HBA2, HBB, HFE, HK1, HMOX1, HOXA11, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, IDH1, IDH2, IFNGR2, IKZF1, IKZF2, IKZF5, ITGA2B, ITGB3, ITK, JAGN1, JAK2, KCNN4, KDM1A, KDSR, KIF23, KIT, KLF1, KRAS, LAMTOR2, LIG4, LMAN1, LPIN2, LRBA, LYST, MAD2L2, MAGT1, MBD4, MCFD2, MDM4, MECOM, MLH1, MMUT, MPIG6B, MPL, MPO, MRE11, MRTFA, MSH2, MSH6, MTHFD1, MTR, MYD88, MYH9, MYO5A, MYSM1, NAF1, NBEAL2, NBN, NF1, NFKB1, NHP2, NOP10, NOTCH1, NPM1, NRAS, NT5C3A, P2RY12, PALB2, PARN, PAX5, PCCA, PCCB, PDGFRA, PGK1, PGM3, PHF6, PIEZO1, PIK3CD, PIK3R1, PKLR, PLA2G4A, PLAU, PMS2, POT1, PRF1, PRKACG, PROC, PROS1, PTEN, PTPN11, PTPRJ, PUS1, RAB27A, RAC2, RAD50, RAD51, RAD51C, RASGRP2, RBBP6, RBM8A, RECQL4, REN, RHAG, RIT1, RMRP, RNF168, RNU4ATAC , RPA1, RPL11, RPL15, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS14, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SBF2, SEC23B, SERPINC1, SERPINF2, SH2B3, SH2D1A, SLC11A2, SLC19A2, SLC25A38, SLC37A4, SLC46A1, SLC4A1, SLFN14, SLX4, SMARCD2, SOCS1, SOS1, SPTA1, SPTB, SRC, SRP54, SRP72, STAT1, STAT3, STIM1, STN1, STX11, STXBP2, TAZ, TBXA2R, TBXAS1, TCIRG1, TCN2, TEK, TERC, TERT, TET2, TF, THBD, THPO, TINF2, TMPRSS6, TP53, TPI1, TPP1, TRNT1, TSR2, TUBB1, UBE2T, UNC13D, USB1, VHL, VKORC1, VPS13B, VPS45, VWF, WAS, WDR1, WIPF1, WRAP53, WT1, XIAP, XRCC2, YARS2 ja ZCCHC8 sekvensoimalla. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet ja silmukointiin vaikuttavat alueet (+/-20 nt). Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Saadusta sekvenssistä voidaan lisäksi tunnistaa yllä lueteltujen geenien kopiolukumuutokset (yksi kokonainen eksoni - usean Mb suuruiset muutokset, useita geenejä sisältävät alueet ja mm. kaikki mikrodeleetio/duplikaatiosyndroomat). Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Parafiininäytteistä ei toistaiseksi voida analysoida kopiolukumuutoksia. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu mutaatio. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tämä geenipaneeli ei sovellu myöskään somaattisten muutosten tutkimiseen. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru), josta otetaan lisämaksu.

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä. Lisätietoja soveltuvan tutkimuksen valinnasta voi kysyä Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 1626137 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio_hus.fi