HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen B -NoonMut (23179) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Noonan -oireyhtymän diagnostiikka, kun suvun geenimuutos on tuntematon. Kun suvun patogeeninen muutos tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön tutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20464 B-SEKVY-D).

Näyteastia

EDTA-putki 5/3 ml

Näyte

3-5 ml EDTA-verta (pieniltä lapsilta minimi näytemäärä on 1 ml EDTA-verta). Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk. Lähetys: Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä, mukautuva pätevyysalue.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

5 viikon kuluessa näytteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim. matala lukupeitto, varmistusta vaativa insertio/deleetio tai kopiolukumuutos). Lausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Yleistä

Noonanin oireyhtymä on monimuotoinen, geneettinen oireyhtymä, jossa tavallisimpia piirteitä ovat mm. lievä lyhytkasvuisuus, synnynnäiset sydänviat (kuten pulmonaalistenoosi ja hypertrofinen kardiomyopatia) ja tyypilliset kasvojen ja kehon rakenteen piirteet, sekä mahdolliset oppimisen ongelmat. Noin puolella Noonan-epäilyistä patogeeninen muutos löytyy PTPN11-nimisestä geenistä, reilulla 10 %:lla SOS1-geenistä ja geeneistä RAF1, RIT1, KRAS, NRAS, BRAF ja MAP2K1 kustakin muutamalla prosentilla. Käytetyn geenipaneelin joistain muista geeneistä saattaa niin ikään löytyä patogeeninen muutos, jolloin kysymyksessä on jokin Noonanin oireyhtymää muistuttava muu oireisto. Pienellä osalla niistä henkilöistä, joilla on useita Noonan-oireyhtymän tyyppipiirteitä, tautia aiheuttavaa patogeenistä muutosta ei pystytä nykytekniikoin löytämään. Noonanin oireyhtymään liittyvät geenit toimivat yhdessä osana erästä soluissa tapahtuvaa tärkeää toimintaketjua, josta käytetään mm. nimeä RAS-MAPK-polku (RAS-MAPK-pathway). Eräät muut saman toimintaketjun virheisiin liittyvät taudit muistuttavat jonkin verran Noonanin oireyhtymää. Tällaisia ovat mm. neurofibromatoosi sekä CFC- ja Costello- oireyhtymät. Nämä ovat kuitenkin selvästi eri oireyhtymiä kuin Noonan. Oireyhtymä on perinnöllinen ja voi periytyä sukupolvesta toiseen, mutta moni henkilö on saanut oireyhtymänsä satunnaisen patogeenisen muutoksen seurauksena ensimmäisenä suvussaan.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan 25 Noonanin oireyhtymään liitettyä geeniä (BRAF, CBL, CDC42, EPHB4, FGD1, HRAS, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MRAS, NF1, NRAS, PPP1CB, PTPN11, RAF1, RASA2, RIT1, RRAS, RRAS2, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1 ja SPRED2) sekvensoimalla. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet ja silmukointiin vaikuttavat alueet (+/-20 bp). Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Kopiolukuanalyysissä voidaan tunnistaa deleetiot ja duplikaatiot, jotka kattavat vähintään yhden kokonaisen eksonin. Katkoskohtia ei saada aina määritettyä tarkasti, koska geenien välisiä ja geenin intronisia alueita ei sekvensoida. Harvoissa tilanteissa muutos joudutaan varmistamaan toisella menetelmällä (ddPCR/eksomisiru/SEKVY tutkimus), josta otetaan lisämaksu.

Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu patogeeninen muutos. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut, ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, uudelleenjärjestymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset).

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB Genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintalaboratoriosta. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä. Paneeli ei sovi neurofibromatoosin diagnostiikkaan, sillä SPRED1-geeni ja kaikki sairauden yhteydessä kuvatut introniset muutokset eivät ole paneelissa katettuja. Lisätietoja soveltuvan tutkimuksen valinnasta voi kysyä HUS Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 1626137 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi