HUSLAB - tutkimusohjekirja

Tutkimuksen Ts-CRCMut (23580) tiedot vanhassa tutkimusohjekirjassa

HUOM! NÄMÄ TIEDOT EIVÄT OLE ENÄÄ AJAN TASALLA.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Indikaatiot

Periytyvän suolistosyöpäalttiuden selvittäminen silloin, kun geenivirheiden tutkiminen verinäytteestä ei ole mahdollista.

Näyte

Ituratamutaatioiden tutkimuksessa näytteeksi toivotaan parafiinileikkeitä normaalikudoksesta. Patologi valitsee kudosblokista kohdan, jossa ei ole lainkaan tuumorisoluja (tai korkeintaan 30 % tuumorisoluja). Näytteeksi tarvitaan 4-8 kpl 10 mikrometrin paksuista parafiinileikettä pieneen muovipurkkiin (esim. formaliinipurkkiin). Tutkimusta ei suositella tehtäväksi viittä vuotta vanhemmista parafiiniblokeista. Näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 01006 VASTAUSLÄHETYS. Näyte lähetetään huoneenlämmössä laboratorioon.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing)

Yleistä

Lynchin oireyhtymä (LS, entiseltä nimeltään periytyvä ei-polypoottinen paksusuolisyöpä, HNPCC) aiheutuu suomalaissuvuissa pääasiassa MLH1-geenin, joskus MSH2-, MSH6- tai PMS2-geenin, vallitsevasti periytyvistä mutaatioista. Suomalaisissa perheissä MLH1-geenin kolme päämutaatiota yhdessä edustavat n. 60 % kaikista suomalaisista LS-mutaatioista. LS on taustalla n. 2 %:ssa paksusuolisyövistä.

Perinnöllinen paksunsuolen adenomatoottinen polypoosi (FAP) on vallitsevasti periytyvä suolistosairaus, jossa murrosiästä alkaen paksunsuolen limakalvolle ilmaantuu satoja tai jopa tuhansia polyyppeja. Osa polyypeistä muuttuu pahanlaatuisiksi noin 40 ikävuoteen mennessä. Noin 80 %:ssa FAP-suvuista tauti aiheutuu APC-geenin mutaatioista. FAP-taudille on tyypillistä, että lähes jokaisella perheellä on oma perhekohtainen mutaationsa.

MAP (MUTYH-associated polyposis) -tauti on MYH (viralliselta nimeltään MUTYH) -geenivirheisiin liittyvä peittyvästi periytyvä adenomatoottinen polypoosisairaus, johon liittyy suuri suolistosyövän riski. MAP-taudissa paksusuolessa tavattavien adenoomien määrä vaihtelee suuresti ja taudinkuva voi muistuttaa epätyypillistä familiaalista adenomatoottista polypoosia (FAP) tai Lynchin oireyhtymää. MUTYH-mutaatioita esiintyy joko homotsygoottisena tai kahden eri mutaation yhdistelmänä (ns. yhdistelmäheterotsygotia) noin 0.7 %:lla paksusuolisyöpäpotilaista.

Peutz-Jeghersin oireyhtymä (PJS) on harvinainen vallitsevasti periytyvä polypoosisyndrooma, jossa esiintyy ihon ja limakalvojen poikkeavaa pigmentaatiota ja maha-suolikanavan alueella ns. hamartomatoottisia polyyppeja, joissa on merkittävä sileälihaskomponentti. PJS johtuu mutaatioista STK11 (LKB1) -geenissä ja oireyhtymään liittyy kohonnut riski mm. maha-suolikanavan alueen syöpiin ja rintasyöpään.

Juveniili polypoosi (JP) on harvinainen vallitsevasti periytyvä oireyhtymä, johon liittyy mahasuolikanavan hamartomatoottinen polypoosi ja kohonnut riski maha-suolikanavan syöpiin. JP johtuu mutaatioista SMAD4- tai BMPR1A-geeneissä.

Vallitsevasti periytyviä POLE- ja POLD1-mutaatioita on todettu suvuissa, joissa esiintyy paksunsuolen adenomatoottista polypoosia ja/tai paksusuolensyöpää ilman viitteitä mikrosatelliitti-instabiliteetista.

In house -geenipaneelilla tutkitaan 12 geeniä, joiden geenivirheitä on aiemmin kuvattu paksusuolisyöpäalttiuden taustalla: APC, BMPR1A, MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS2, POLD1, POLE, SMAD4 ja STK11 -geenit sekä BRAF-geenin eksoni 15. Tutkimus kattaa osasta tutkittavia geenejä proteiinia koodaavat eksonialueet kokonaan (100 %), mutta seuraavista geeneistä tutkimus ei kata aluetta täysin: APC (99.9 %), MSH2 (99.3 %), MHS6 (99.4 %), MUTYH (95.4 %), PMS2 (98.2 %), POLD1 (95.6 %), POLE (99.1 %) ja STK11 (98.3 %). Saadusta näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent PGM-laitteella. Paneeli kattaa myös MLH1-geenin suomalaisen valtamutaation, eksonin 16 in frame -deleetion (eli nk. mutaatio I).

Lynchin oireyhtymää epäiltäessä kasvaimesta tehdyllä immunohistokemiallisella tutkimuksella (Ts-HNPCCIH, 871) voidaan saada viitettä siitä, minkä geenin mutaatio on kyseessä. Viitteitä polypoosioireyhtymien tyypistä voidaan saada kliinisten piirteiden ja sukuhistorian lisäksi kasvainnäytteen histologisen tutkimuksen perusteella (Ts-PAD). Immunohistokemiallisen tutkimuksen tulos tai polyyppien histologisen tutkimuksen vastaus tulee merkitä lähetteen esitietoihin.

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter-ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todetut muutokset. Tarvittaessa todettu muutos varmistetaan suoralla sekvensoinnilla. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset muutokset jätetään lausumatta. Menetelmä ei tunnista kaikkia eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita. DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään IonReporter-ohjelmaa. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todetut muutokset. Tarvittaessa todettu muutos varmistetaan suoralla sekvensoinnilla. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset muutokset jätetään lausumatta. Menetelmä ei tunnista kaikkia eksonitasoisia deleetioita tai duplikaatioita.

MLH1-, MSH2-, MSH6- tai PMS2-geenin mutaatio heterotsygoottisena eli toisessa geenikopiossa varmistaa vallitsevasti periytyvän Lynchin syndrooman diagnoosin. Yhden APC-geenin mutaation löytyminen heterotsygoottisena varmistaa FAP-taudin diagnoosin. Vastaavasti yksi STK11-mutaatio varmistaa PJS-diagnoosin ja BMPR1A- tai SMAD4-mutaatio JP-diagnoosin.

MUTYH-mutaation löytyminen homotsygoottisena tai yhdistelmäheterotsygoottisena varmistaa MAP-taudin diagnoosin. Mutaation löytyminen heterotsygoottisena ainoastaan toisesta geenikopiosta osoittaa terveellä henkilöllä taudin kantajuuden, johon nykytietämyksen mukaan saattaa liittyä myöhemmällä iällä ilmenevä, lievästi lisääntynyt suolistosyöpäriski normaaliväestöön verrattuna.

Huomautuksia

Lähetteen taustatietoihin tulee aina merkitä selkeästi kliininen kysymyksenasettelu, mahdollinen immunohistokemiallisen tutkimuksen tulos (Ts-HNPCCIH, 871), potilaan kliiniset esitiedot, sukuhistoria ja polyyppien histologia (Ts-PAD). Epäiltäessä Lynchin oireyhtymää, tulee immunohistokemiallinen tutkimus (Ts-HNPCCIH, 871) tehdä aina alustavana tutkimuksena.

Ituratamutaatioiden tutkimuksessa ensisijaiseksi näytemateriaaliseksi suositellaan verinäytettä. Mikäli tutkimus kuitenkin halutaan tehdä kudosnäytteestä, näytemateriaaliksi suositellaan normaalikudosta tai kudosblokkia, jossa tuumorisolujen osuus on mahdollisimman pieni.

Tutkimusta ei voi tilata kiireellisenä.